株式会社と合同会社の違いとしては、
＊機関設計の自由度
＊損益の配分比率
＊設立時の法定費用
＊決算公告義務
などが、あります。

それぞれのメリット・デメリットと下記にご紹介します。

信用力や知名度がある。

合同会社をいう言葉を知らない人がいても、株式会社を知らない人はまずいません。やはり「株式会社」のブランドや信用度に魅力を感じている方も多いと思います。
会社法施行後は、有限会社から株式会社への組織変更も簡単になりましたので、現在有限会社を経営されている方の、株式会社への組織変更も増えています。
詳しくは「有限会社の経営者の方へ」をご参考にして下さい。

多くの出資金を得やすい。

友人や知人から出資を受ける場合も、株式会社の方が受けやすいです。

役員任期に期間がある。

同じ人が役員に就任する場合(重任と言います)でも、手続きが必要です。
株式譲渡制限のある非公開会社であれば、役員任期を取締役・監査役共に最長10年まで伸長できます。この場合、10年毎に手続きが必要になります。

決算の公告義務がある。

詳しくは「決算公告とは？」をご参考にして下さい。

設立時の費用が高い。

詳しくは、「株式会社設立費用について」をご参考にして下さい。

機関や損益配分を自由に決められる 。

株式会社の場合、機関設計には、制約があり変更するにも手間や時間がかかります。
また、損益配分も原則は、出資比率に応じて行ないます。一方、合同会社は、機関設計も株式会社に比べれば簡単にできますし、損益配分も自由に決められます。

設立時の法定費用が安い 。

詳しくは、「合同会社設立費用について」をご参考にして下さい。

信用度や知名度が株式会社より低い 。

合同会社は、会社法施行後(2006年5月以降)に設立できるようになった新しい組織スタイルの会社です。　　
このサイトをご覧の方のように、独立・起業や会社の設立をご検討されている方は、知っている方が多いですが、一般の方には、未だ馴染みのないというのが、現状です。

当事務所をご利用されて合同会社を設立された方からも、
・取引先やお客様から「合同会社ってちゃんとした会社ですか？」
・「株式会社と、どう違うのですか？」
などの質問があって、その都度説明しなければならないのが大変です。
というお話も聞きます。

上記のメリット・デメリットも是非ご参考にして下さい。

また、株式会社か合同会社で迷われている方は、
＊同業他社やライバル企業はどのようなスタイルの会社が多いか？
→株式会社が多いのであれば、株式会社をお薦めします。
＊将来、増資や事業の多角化などを検討している。
→株式会社が多いのであれば、株式会社をお薦めします。
＊設立時の費用を抑えて会社を設立したい。
→合同会社をお薦めします。
＊取引先の関係で法人口座が必要なだけである。
→合同会社をお薦めします。
などもご参考にして下さい。